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Die Universität geht auf ein 1290 von König Dinis gegründetes „Studium Generale“ zurück. Der Lehrbetrieb begann zunächst in Lissabon. In den folgenden Jahrhunderten wechselte die Hochschule mehrfach zwischen Lissabon und Coimbra, bis König João III. sie 1537 dauerhaft in Coimbra ansiedelte. Sie gehört damit zu den ältesten noch bestehenden Universitäten Europas.

Ihr historischer Kern befindet sich in der Oberstadt von Coimbra auf dem Gelände eines früheren Königspalastes. Der heutige Paço das Escolas vereint Gebäude aus verschiedenen Epochen. Der im 18. Jahrhundert errichtete Glockenturm diente nicht nur als architektonisches Kennzeichen. Seine Glocken regelten den akademischen Tagesablauf und kündigten unter anderem den Beginn und das Ende von Lehrveranstaltungen an. Eine der Glocken ist unter dem Beinamen „Cabra“ bekannt und spielt auch in studentischen Überlieferungen eine Rolle.

Die Biblioteca Joanina entstand ebenfalls im frühen 18. Jahrhundert während der Regierungszeit König Joãos V., nach dem sie benannt ist. Der barocke Bibliotheksbau beherbergt historische Buchbestände und verweist auf die Funktion der Universität als Ort der Wissenssammlung und -vermittlung. Universität, Oberstadt und die mit der Hochschule verbundene Rua da Sofia gehören seit 2013 zum UNESCO-Welterbe.

Über Jahrhunderte bildete Coimbra Geistliche, Juristen, Ärzte, Verwaltungsbeamte und Gelehrte aus. Dadurch wirkte die Universität auf staatliche Institutionen und das Bildungswesen Portugals sowie auf Gebiete der portugiesischsprachigen Welt. Zugleich entwickelten sich eigene akademische Bräuche, darunter traditionelle Kleidung, Fado de Coimbra und studentische Abschlussfeiern.

Das Jubiläumsjahr 2020 bezog sich unmittelbar auf die Gründung von 1290. Die Wahl des Anlasses erklärt sich aus dem hohen Alter der Institution und ihrer langjährigen Rolle im portugiesischen Hochschul- und Kulturleben. Die dargestellten Bauformen stehen dabei für den historischen Universitätskomplex, in dem sich königliche Vergangenheit, akademischer Alltag und Buchkultur verbinden.