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L’università risale allo «Studium Generale» fondato nel 1290 dal re Dinis. Le attività didattiche iniziarono inizialmente a Lisbona. Nei secoli successivi l’università si trasferì più volte tra Lisbona e Coimbra, finché il re João III la stabilì definitivamente a Coimbra nel 1537. È quindi una delle più antiche università ancora esistenti d’Europa.

Il suo nucleo storico si trova nella parte alta di Coimbra, sul terreno di un antico palazzo reale. L’attuale Paço das Escolas riunisce edifici di epoche diverse. Il campanile, costruito nel XVIII secolo, non aveva soltanto una funzione architettonica distintiva. Le sue campane regolavano lo svolgimento della giornata accademica e annunciavano, tra l’altro, l’inizio e la fine delle lezioni. Una delle campane è conosciuta con il soprannome «Cabra» e svolge un ruolo anche nelle tradizioni studentesche.

Anche la Biblioteca Joanina fu costruita all’inizio del XVIII secolo, durante il regno di re João V, dal quale prende il nome. L’edificio barocco della biblioteca ospita fondi librari storici e richiama la funzione dell’università come luogo di raccolta e trasmissione del sapere. L’università, la parte alta della città e la Rua da Sofia, legata all’università, fanno parte dal 2013 del patrimonio mondiale dell’UNESCO.

Per secoli Coimbra formò ecclesiastici, giuristi, medici, funzionari amministrativi e studiosi. In questo modo l’università influì sulle istituzioni statali e sul sistema educativo del Portogallo, nonché sulle aree del mondo lusofono. Al tempo stesso si svilupparono consuetudini accademiche proprie, tra cui l’abbigliamento tradizionale, il Fado de Coimbra e le celebrazioni studentesche di fine studi.

L’anno giubilare 2020 si riferiva direttamente alla fondazione del 1290. La scelta dell’occasione si spiega con l’antichità dell’istituzione e con il suo ruolo di lunga durata nella vita universitaria e culturale portoghese. Le forme architettoniche raffigurate rappresentano il complesso universitario storico, nel quale si uniscono il passato reale, la vita accademica quotidiana e la cultura libraria.