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A transição para o ensino em estoniano esteve estreitamente relacionada com a criação da República da Estónia. Após a declaração de independência de 1918, o país encontrava-se inicialmente em guerra de independência. Ainda assim, a nova liderança estatal começou a criar instituições próprias para a administração, a ciência e a educação. A abertura da universidade nacional em 1 de dezembro de 1919 fez parte desse processo.

Anteriormente, a instituição de ensino superior tinha alterado várias vezes a sua orientação institucional e linguística. Depois de uma interrupção prolongada, foi reaberta em 1802 no Império Russo como universidade de língua alemã e tornou-se, sob o nome de Dorpat, um centro científico dos Estados Bálticos. No âmbito da russificação, o russo impôs-se como língua de ensino no final do século XIX; também o nome oficial da cidade e da universidade foi alterado para Jurjew. Durante a ocupação alemã de 1918, existiu brevemente uma universidade regional de língua alemã.

A mudança para o estoniano foi mais do que uma alteração da língua de ensino. Para numerosas áreas científicas, foi necessário desenvolver e uniformizar primeiro uma terminologia científica estoniana. A instituição formou professores, juristas, médicos, funcionários públicos e cientistas para o novo Estado. Ao mesmo tempo, o estoniano conquistou um lugar permanente na investigação e no ensino académico, depois de ter desempenhado anteriormente apenas um papel limitado nesses domínios.

O edifício principal neoclássico foi construído no início do século XIX segundo os planos do arquiteto Johann Wilhelm Krause, originário da Alemanha. A sua fachada, marcada pelas colunas, tornou-se um símbolo da universidade amplamente reconhecido. O edifício situa-se no centro de Tartu; o conjunto universitário histórico inclui ainda instalações em Domberg, entre as quais o observatório e a biblioteca universitária nas ruínas da catedral.

A celebração do centenário constituiu uma ocasião adequada para a emissão de uma moeda, uma vez que a universidade nacional está estreitamente ligada à fundação do Estado, à política linguística e à criação das instituições estonianas. A expressão «Rahvusülikool», isto é, «Universidade Nacional», remete especialmente para a sua missão em relação à língua, à cultura e à sociedade estonianas.